Fernando Álvarez de Toledo (1507-1582), tercer duque de Alba, llegó a Bruselas con la misión de sofocar la revuelta de Flandes. Los seis años y medio que el nuevo gobernador permaneció en aquellos Estados se dividen en tres períodos principales: represión violenta y primera guerra contra los Orangistas (1567-1568); tregua (1569-1572); y segunda guerra contra los Orangistas (1572-1573). Al iniciar su estancia en Amberes, la relación entre BAM y Alba se acerca a la amistad. BAM, como el resto de los españoles, apreció la eficacia de Alba, cuya destreza militar había detenido el progreso del Protestantismo en los Países Bajos con una clara victoria sobre los rebeldes en 1568. Desde 1568, fecha en que Alba acabó con la primera revuelta, hasta 1572, cuando estalló la segunda, BAM colaboró estrechamente con la política religiosa del gobernador: con objeto de defender el Catolicismo por todos los medios vio la luz el Index expurgatorius librorum qui hoc saeculo prodierunt (Amberes, 1571), ordenado por Alba y ejecutado por BAM. En su primer informe como consejero en febrero de 1571, BAM defendió la severidad de la represión de Alba, que él consideraba necesaria para detener toda clase de herejía. Cuando el duque pidió permiso para retirarse en el verano de 1571, BAM fue una de las voces que más claramente se opusieron a esa decisión (cf. Arias Montano a Zayas, 1571 02 05). A partir de 1572 la percepción que BAM tiene de la mano dura de Alba cambia de forma sustancial. Tras un evidente fracaso bélico y político, en 1573 Alba fue reemplazado en su cargo por Luis de Requesens.

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